জাতীয় রাজস্ব বোর্ডের আওতাধীন কাস্টমস, এক্সাইজ ও ভ্যাট কমিশনারেট, সিলেট বিগত ২০০০ সালের নভেম্বর মাসে প্রতিষ্ঠিত হয়। সিলেট বিভাগের সমগ্র ভৌগলিক এলাকা নিয়ে এই কমিশনারেট গঠিত হয়। এ কমিশনারেট প্রাথমিকভাবে কাস্টমস বিভাগ, সিলেট এবং আবগারী ও ভ্যাট বিভাগ, সিলেট এই দু‘টি বিভাগ নিয়ে গঠিত হলেও ২০১২ সালে ০৬ (ছয়) টি বিভাগে সম্প্রসারণ করা হয়, যথা ঃ (১) কাস্টমস বিভাগ, সিলেট, (২) বিমানবন্দর ও এয়ারফ্রেইট বিভাগ, সিলেট, (৩) আবগারী ও ভ্যাট বিভাগ, সিলেট, (৪) আবগারী ও ভ্যাট বিভাগ, মৌলভীবাজার, (৫) আবগারী ও ভ্যাট বিভাগ, হবিগঞ্জ (৬) আবগারী ও ভ্যাট বিভাগ, সুনামগঞ্জ।
